Villanueva del Pardillo fue en tiempos aldea de Galapagar, dentro de los territorios del Condado del Real del Manzanares del Ducado del Infantado. Formaba parte de un señorío y eclesiásticamente fue localidad perteneciente al arciprestazgo de Canales (Móstoles), del arzobispado de Toledo.

Su fundación es anterior a la Peste Negra de mediados del siglo XIV porque es citado en el Libro de la Montería de Alfonso XI.

El Pardillo era un lugar cercano a Galapagar, villa de la que dependía en lo administrativo y en lo fiscal. En 1702 alcanzará el rango de Villa, comprándoselo al rey, como venían haciendo muchas localidades desde el siglo XVI. A partir de la división en partidos judiciales en el XIX, se integrará en el de Colmenar Viejo. Desde finales del XVIII, la historia de la localidad es un misterio hasta 1939, porque en la Guerra Civil se destruyeron iglesia y ayuntamiento, y con ello, los archivos correspondientes.

Después llegaría la época de los planes de rehabilitación del pueblo de la posguerra (Regiones Devastadas), de Mister Lodge y del comienzo de la expansión actual.

Son varias las hipótesis sobre el origen del nombre del municipio. Según versiones populares, fue en época de la Reconquista cuando un pastor apellidado Pardo le puso su nombre, "Pardillo”. Existen otros posibles orígenes, como el derivado de "pardal" (aldeano), "dícese de los aldeanos porque generalmente visten de pardo". Opción más prosaica sería la que se encuentra en la derivación de Pardo de la voz latina "paries" (pared) de donde se deriva "parietinas" (casa con paredes sin techo) o "pardina" (casa aislada en la montaña). Sea cual sea el origen del nombre, el pueblo se llamó El Pardillo hasta que en 1702 consigue pasar de lugar a villa y se le cambia el nombre. Desde entonces es Villanueva del Pardillo.

Situado a 26 kilómetros de la capital de España y enclavado en el entorno natural de la Cuenca del Guadarrama, Villanueva del Pardillo limita con las localidades de Majadahonda, Las Rozas, Villanueva de la Cañada, Galapagar y Valdemorillo.

El desarrollo económico y, sobre todo, el crecimiento urbanístico que se está produciendo en la localidad viene, en parte, explicado por el entorno natural de la zona. La comarca del Guadarrama es una de las áreas más solicitadas por los madrileños a la hora de adquirir una vivienda.